Η σεζόν 2016-2017 μπορεί να χαρακτηριστεί ιστορική για τον Πανθηραϊκό, αφού η ομάδα μας συμμετείχε για πρώτη φορά στο πρωτάθλημα της Γ΄Εθνικής. Σε έναν πολύ ανταγωνιστικό όμιλο 15 ομάδων, ο Πανθηραϊκός αν και πρωτάρης στην κατηγορία, πραγματοποίησε εξαιρετική πορεία, σημειώνοντας μάλιστα αποτελέσματα τα οποία έμελλε να ρυθμίσουν σε μεγάλο βαθμό την τελική έκβαση του πρωταθλήματος. Με τον Μανώλη Παπαματθαιάκη στην τεχνική ηγεσία της ομάδας, η ομάδα δεν βρέθηκε ποτέ να κινδυνεύει από άποψη υποβιβασμού, και τερμάτισε τελικά στην 9η θέση.
1η Αγωνιστική: Ατσαλένιος – Πανθηραϊκός 1-0 (Αμπντουραχμάνι 64′) 11/09/2016
2η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Τριγλία Ραφήνας 4-2 (Περιάλης 19′, Γαρυφαλλόπουλος 29′, Μκρτσιάν 81′, Λούκα 86′ – Πουλάκος 9′, Ποτουρίδης 66′) 18/09/2016
3η Αγωνιστική: Ιωνικός – Πανθηραϊκός 1-1 ( Αργυρίου 47′ – Λαζαρίδης 20′) 25/09/2016
4η Αγωνιστική: Ιάλυσος – Πανθηραϊκός 2-1 (Ρεκλείτης πεν.45’+, Χατζηφούντας 68′,Περιάλης 30′) 01/10/2016
5η Αγωνιστική: Ρεπό
6η Αγωνιστική: Ηλυσιακός – Πανθηραϊκός 0-0 23/10/2016
7η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – ΙΝΚΑ 3-0 (Λούκα 18′, Μωραΐτης 88′, Περιάλης 91′) 30/10/2016
8η Αγωνιστική: Εθνικός – Πανθηραϊκός 1-0 (Μάναλης 47′) 06/11/2016
9η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Άγιος Ιερόθεος 0-0 23/11/2016
10η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Ερμής Ζωνιανών 1-1 (Ανυφαντάκης 20′-Μωραΐτης 84′) 27/11/2016
11η Αγωνιστική: Κηφισιά – Πανθηραϊκός 0-0 3/12/2016
12η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Εργοτέλης 2-2 (Μκρτσιάν 25′, Περιάλης 42′- Κατσικοκέρης 81′, Κοιλιάρας 97′) 11/12/2016
13η Αγωνιστική: Θύελλα Ραφήνας – Πανθηραϊκός 0-1 (Περιάλης 4′) 18/12/2016)
14η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Προοδευτική 0-2 (Πέππας 14′, Ζελέκου 81′)08/01/2017
15η Αγωνιστική: Ρόδος – Πανθηραϊκός 0-0 15/01/2017
16η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Ατσαλένιος 1-3 (Γιόνδης 49′ – Αμπντουραχμάνι 17′, Μπουτσάκης 21′, 61′)25/02/2017
17η Αγωνιστική: Τριγλία Ραφήνας – Πανθηραϊκός 3-0 (Καλογιάννης 17′,74′, Ποτουρίδης 69′) 29/01/2017
18η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Ιωνικός 1-0 (Γιόνδης 70′) 05/02/2017
19η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Ιάλυσος 0-2 (Δελαπόρτας 1′, Μπαρόζο 45′)13/02/2017
20η Αγωνιστική: Ρεπό
21η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Ηλυσιακός 2-1 (Γιόνδης 4′,20′-Μπίρης 65′) 05/03/2017
22η Αγωνιστική: ΙΝΚΑ – Πανθηραϊκός 0-2 (Ζώνας 64′,95′) 12/03/2017
23η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Εθνικός 1-1 (Ζώνας 85′- Μάναλης 53′) 19/03/2017
24η Αγωνιστική: Άγιος Ιερόθεος – Πανθηραϊκός 2-0 (Δάρρας 15′, Θανόπουλος 75′) 02/04/2017
25η Αγωνιστική: Ερμής Ζωνιανών – Πανθηραϊκός 2-1 ( Ανυφαντάκης 44′, Ρόβας 88′-Γιόνδης 51′) 09/04/2017
26η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Κηφισιά 4-1 (Γιόνδης 43′,79′, Λαζαρίδης 45′, Ζώνας 83′ – Φαρινόλα 2′) 23/04/2017
27η Αγωνιστική: Εργοτέλης – Πανθηραϊκός 2-0 (Λεάλ 26′, Καϊμακαμούδης 90′) 30/04/2017
28η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Θύελλα Ραφήνας 1-1 (Γιόνδης 46′ – Γκίκα 97΄) 07/05/2017
29η Αγωνιστική: Προοδευτική – Πανθηραϊκός 1-1 (81′ Κανελλόπουλος – Λούκα 87′) 14/05/2017
30η Αγωνιστική: Πανθηραϊκός – Ρόδος 1-1 (Γιόνδης 81′-Δημητριάδης 30′) 21/05/2017
Η βαθμολογία του 4ου ομίλου της Γ΄Εθνικής 2016-2017